Conference Programs

Systems Biology of Basic Biological Systems

周期的・動的挙動のシステム生物学
Cyclic and Dynamic Behaviours

• Takao Kondo 近藤孝男 (Nagoya University)
  "Circadian Systems of Cyanobacheria"
  シアノ・バクテリアの概日周期
• Hiroki Ueda 上田泰己 (Riken Center for Developmental Biology)
  "Analysis and Synthesis of Circadian Clock"
  概日周期の分析と合成
• John Tyson (Virginia Tech)
  "A Generic Model of Cell Cycle Regulation in Eukaryotes"
  真核細胞の細胞周期に関する一般的モデル
• Lilia Alberghina (University of Milano-Bicocca)
  "Nucleus/cytoplasmic compartimentalization controls the G1 to S network in yeast"
  出芽酵母のG1/S期遷移は核・細胞質コンパートメントによって制御される
• Andrew J. Millar (University of Edinburgh)
  "Evolution of clock circuits across biology, and clock labs across the world: a new International Alliance"

酵母のシステムバイオロジー
Yeast Systems Biology

• Edda Klipp (Max Plank Institute for Molecular Genetics)
  "Dynamic Modeling of Stress Response of Yeast Cells"
  出芽酵母のストレス応答の動的モデル
• Roger Brent (Molecular Sciences Institute)
  "The quantitative physiology of a eukaryotic intracellular information transmission system"
  真核細胞内シグナル伝達システムの定量的生理学
• Mike Tyers (Samuel Lunenfeld Research Institute)
  Interrogation of cellular networks
  細胞内ネットワークの探索
• Alejandro Colman-Lerner (Molecular Sciences Institute)
  "Sources and control of cell to cell variation in the response of yeast to mating pheromone"
  出芽酵母フェロモン応答における細胞間個体差の制御とその源

メタボロームとバイオプロセス
Metabolomics and Bioprocess

• Bernhard Palsson (UCSD)
  "Bottom-up Reconstruction of the Human Metabolic Map based on Build-35 and Legacy Data"
  ヒト代謝マップのBuild-35と公開データを基したボトムアップな作成
• Sang Yup Lee (KAIST)
  "Systems Level analysis and Engineering of Industvial Bacteria"
  工業用バクテリアのシステム分析とその改変
• Masaru Tomita (Keio University)
  "Metabolome Analysis and Synthetic Biology"
  代謝解析と合成生物学
• Marta Cascante (University of Barcelona)
  "A Systems Biology Approach to Identify and Therapeutically Exploit the Weakness of the Robust Tumour Metabolism"
  腫瘍細胞における頑健な代謝の脆弱性を治療に活かすためのシステムバイオロ
  ジー手法

発生システムバイオロジー
Developmental Systems Biology

• Fabio Piano ( NYC)
  "C. Elegans Developmental Networks and Their Evolution"
  線虫の発生ネットワークとその進化
• Shigeru Kondo 近藤滋　(Nagoya University)
  "Interactions among the Pigment Cells of Zebrafish Give Rise to Turing Pattern"
  ゼブラフィッシュのピグメント細胞に関わる相互作用はチューリングパターンを
  生起する
• Shuichi Onami 大浪修一 (RIKEN)
  "Quantitative analysis of C. elegans embryogenesis"
  線虫発生の定量解析

システム神経生物学
Systems Neurobiology

• August B. Smit (Vrije Universiteit Amsterdam)
  "Understanding Molecular Complexity a the Neuronal Synapse"
  シナプスにおける分子的複雑さを理解する
• James Douglas Armstrong (University of Edinburgh)
  "Modeling Structure and Function of the Post-Synaptic Proteome"
  シナプス後領域のプロテオームの機能と構造のモデル化
• Shinya Kuroda 黒田真也 (University of Tokyo)
  "Systems Analysis of Spike-Timing Dependent Synaptic Plasticity"
  スパイク時間依存なシナプス可塑性のシステム分析

シグナル伝達系
Signal Transduction

• Boris N. Kholodenko (Thomas Jefferson University)
  "Cell-signaling Dynamics in Time and Space"
  シグナル伝達系の時空間ダイナミクス
• Hans V. Westerhoff (The University of Manchester)
  "Emerging Principles of Living Systems"
  生物における創発的原理
• Mariko Hatakeyama 畠山眞理子 (Riken Genomic Sciences Center)
  "Ligand-dependent cell fate control of ErbB signaling network in breast cancer cells"
  乳がん細胞におけるリガンド依存的な細胞運命制御に関するErbBシグナル伝達系
  の役割
• William S. Hlavacek (Los Alamos National Laboratory)
  "Rules for Modeling Signal-Transduction Systems"
  シグナル伝達系モデル作成のルール
• Philippe Bastiaens (EMBL Heidelberg)
  "Reaction cycles in the spatial and temporal organization of cell signaling"
  細胞シグナルの時空間ダイナミクスの反応サイクル

Systems Biology for Medicine

創薬におけるシステム生物学
Systems Biology for Drug Discovery

• Klaus Prank (GlaxoSmithKline)
  "From Molecular Events to Clinical Outcome: Computational Systems Biology in the Pharmaceutical Industry"
  分子から臨床へ：製薬業界における計算システム生物学
• Joseph Lehar (CombinatoRX)
  "Harnessing Systems Biology using Chemical Synergies"
  化学的協調をもちいてシステム生物学を体現する
• Jeff Trimmer Daniel Young (Entelos)
  "Application of Systems Biology for Pharmaceutical Drug Development"
  創薬におけるシステムバイオロジーの応用
• Didier Scherrer (AstraZeneca)
  "Systems Biology in Drug Discovery and Development: Impact and Challenges"
  創薬におけるシステムバイオロジー：そのインパクトと挑戦

循環器系におけるシステム生物学
Cardiovascular Systems Biology

• Andrew D. McCulloch (University of California, San Diego)
  "Cardiac Systems Biology"
  心臓のシステムバイオロジー
• Akinori Noma　野間昭典 (Kyoto University)
  "Kyoto Model, a comprehensive cardiac cell model"
  京都モデル：網羅的心筋細胞モデル
• Jonathan Seidman (Harvard Medical School)
  
• Tatsuhiko Kodama　児玉龍彦 (University of Tokyo)
  ”Direct observation of transcription in the human ell using tiling array”
  タイリング・アレーを用いた転写プロセスの直接観測

システム免疫学
Systems Immunology

• Juergen Haas (University of Munich)
  " Evolution and divergence of herpesviral protein interaction networks "
  ヘルペスウイルスにおけるたんぱく質ネットワークの進化と分離
• Peter Ghazal (University of Edinburgh)
  "Pathway Biology Approach to the Interferon System"
  インターフェロン系におけるパスウエー生物学
• Gilles Clermont (University of Pittsburgh)
  "The Center for Inflammation and Regenerative Modeling: a Service Model"
  炎症と再生モデル・センター：サービス・モデル
• Roland Eils (DKFZ Heidelberg)
  "To kill or not to kill - Decision making in Natural Killer Cells"
  殺すか、殺さないか：ナチュラル・キラー細胞の意思決定

糖尿病のシステムバイオロジー
Systems Biology of Diabetes

• Pierre De Meyts (Hagedom Research Institute)
  "Understanding diabetes pathogenesis: the need for systems biology"
  糖尿病の発症機序の理解：システムバイオロジーの必要性
• Allan Karlsen (Novo Nordisk A/S)
  "A systems biology approach to type 1 diabetes"
  １型糖尿病へのシステムバイオロジー的アプローチ
• Nathan Goodman (Institute for Systems Biology)
  "Transcriptome as windows into pathogenesis of type 1 diabetes"
  １型糖尿病発症機序理解のためのトランスクリプトーム解析

癌のシステムバイオロジー
Cancer Systems Biology

• Ursula Klingmueller (DKFZ Heidelberg)
  "Design Principles of the JAK-STAT Signaling Pathway"
  JAK-STATシグナル系の設計原理
• Charles Auffray (CNRS and Pierre & Marie Curie University - Villejuif)
  "Predicting the outcome of chemotherapy through pathway modelling"
  パスウエーモデルを使った抗がん剤治療の効果予測
• Avijit Ghosh (Drexel University)
  "From Simulation to Therapy: A Systems Biology Approach to Oncogene Detection"
  シミュレーションから治療へ：癌遺伝子探知のシステムバイオロジー的アプローチ

Fronts in Systems Biology

ネットワーク・バイオロジー
Network Biology

• Marc Vidal (Dana-Farber Cancer Institute)
  "Interactome Networks"
  インターラクトーム・ネットワーク
• Trey Ideker (University of California, San Diego)
  "Protein Network Comparative Genomics"
  タンパクネットワークの比較ゲノム
• Yoshihide Hayashizaki 林崎良英 (Riken Genomic Sciences Center)
  "Genome Network Project in Japan"
  日本におけるゲノムネットワークプロジェクト
• Hideo Higuchi 樋口秀男 (Tohoku University)
  "Single molecule imaging of motor proteins in living cells - deciphering physical networks of molecular motions"
  

複雑系システムバイオロジー
Complex Systems Biology

• Mihajlo D. Masarovic (Case Western Reserve University)
  "Bounded Autonomy of Levels: Uncertainty Principle in Complex Systems Biology"
  階層のある制約された自律性：複雑系システムバイオロジーにおける不確定性原理
• Jack Donald Keene (Duke University Medical Center)
  "Coordination of Gene Expression by RNA Operons"
  RNAオペロンの遺伝子発現制御
• Kenneth Alan Loparo (Case Western Research University)
  "Applications of Complex Systems Biology to the Study of Neural Systems"
  神経系研究における複雑系システムバイオロジーの応用

システムバイオロジーと制御・システム理論
Control and System Theory for Systems Biology

• Francis J. Doyle (University of California, Santa Barbara)
  "Robustness Analysis of Biological Networks Using Sensitivity Measures"
  感度解析を用いた生物ネットワークのロバストネス解析
• Pablo A. Iglesias (Johns Hopkins University)
  "Feedback Control Regulation of Cell Division"
  細胞分裂のフィーバック制御
• John Doyle (California Institute of Technology)
  "The architecture of cellular regulation"
  細胞制御ネットワークのアーキテクチャ

合成生物学
Synthetic Biology

• Drew Endy (MIT)
  "Languages and Grammars for Programming in DNA"
  DNAをプログラムするための言語と文法
• Adam Arkin (UC Berkeley)
  "Applications in Systems and Synthetic Biology"
  システム生物学と合成生物学の応用
• Mitsuhiro Itaya 板谷光泰 (Keio University)
  "Impact of a Whole Genome Cloning on Systems Biology"
  システムバイオロジーにおける全ゲノム・クローニングのインパクト
• Tetsuya Yomo 四方哲也 (Osaka University)
  "Adaptive Response of a Gene Network to Environmental Changes by Fittness-induced Attractor Selection"
  適応度誘導型アトラクター選択による遺伝子ネットワークの環境変動に対する応答

システムバイオロジーのための新たな計算科学環境
Novel computational environments for systems biology

• Junichi Tsujii 辻井潤一 (University of Tokyo)
  "Tools for Text Mining: How Can We Link Literature with Knowledge"
  テキスト・マイニングのツール：いかの文献と知識を関連付けるか？
• Carole Anne Goble (University of Manchester)
  "Distributed Computing Environments and Workflows for Systems Biology"
  システムバイオロジーのための分散計算環境とそのワークフロー
• Andrea Califano (Columbia University)
  "The DREAM project: Establishing a Community-based Gold Standard for Systems Biology"
  DREAMプロジェクト：システムバイオロジーのためのコミュニティーに基づく高
  品位標準の形成
• Michael Hucka (California Institute of Technology)
  "The Systems Biology Markup Language (SBML): Where It's Been and Where It's Going"
  SBML：その歴史と将来
• Nicolas le Novere (EMBL-EBI)
  "MIRIAM and Biomodels DB: Curation and Exchange of Quantitative Models"
  MIRIAMとBiomodelsデータベース：定量モデルの整備と流通

Tutorials

1. Engineering design principles for biologists
2. Structural and functional analysis of signaling networks
3. New Mathematical Methods for Systems Biology
4. Tutorial on Systems Biology Toolbox for MATLAB
5. Pathway Modeling with Teranode XDA
6. Analyzing Biochemical Systems using the E-Cell System
7. Computational Cell Biology with the Virtual Cell
8. Modeling, simulating, and analyzing biochemical systems with Copasi
9. Advanced model analysis with Copasi
10. CellDesigner
11. Application of Experimental Design and Model Selection to Signal Transduction Pathway Modeling
12. The Systems Biology Markup Language (SBML) Level 2 Version 2

Workshops

• Synthetic Biology (Oct 12th) @ Miraikan
• Systems Biology and the Human Health Risks of Environmental Chemicals (Oct 12th) @ Miraikan
• RTK Workshop (Oct 12th & 13th) @ AIST/CBRC
• SBML Forum (Oct 12th & 13th) @ Miraikan
• SBGN Workshop (Oct 7th*) @Yokohama World Porters

ICSB 2007 Oct 1- 6, 2007 Long Beach, California ICSB-2007.org

ICSB 2005 Presentations available online ICSB-2005.org Most of presentations from ICSB-2005 Boston is now available as on-line video streaming under auspices of the University of Michigan Web Lecture Archive Project.